上海菇菌科普馆位于上海奉贤现代农业园内，场馆总展示面积近3000平方米。内设有三个分馆，分别是菇菌科学馆、菇菌历史馆以及菇菌民俗艺术馆。菇菌科学馆主要以展示菇菌的科学知识为主。走进科学馆，观众可以通过水墨动画屏、多媒体沙盘等展项，了解到菇菌出现的地质年代、生长环境、地理分布、种类、药用价值等内容。

菇菌历史馆由菇菌的历史研究和菇菌的种植历史两大板块组成。展馆通过多媒体与机电一体化技术的结合，使参观者可以直观了解古代人们对菇菌的认识，领略古代菌学研究的丰厚遗产。幻影成像影片则真实再现了古代菇农种植香菇的场面，并通过和现代种植技术的对比，反映出科技的发展对菇菌产业发展巨大的推动作用。菇菌民俗艺术馆主要展示我国人民在探索自然的过程中形成了独特的菇菌文化，以及许多以菇菌为题材的名篇佳作和美轮美奂的艺术品。在民俗馆中，参观者会看见菇菌科普馆的镇馆之宝——一株非常罕见的直径达７６厘米的巨型灵芝。