阳谷海会寺院占地90余亩，原有殿宇168间，现存81间。建筑上采用传统的中轴线对称布局，从南向北依次为山门、前殿、中殿、大雄宝殿。

山门三间，额匾上书“海会寺”。山门东西各有旁门，山门内两旁立有哼哈二将，像高1丈5尺。

前殿即天王殿，共三间。殿两侧建有钟鼓二楼。中殿即千佛殿，为穿堂式建筑，共三间，供弥勒佛和观音菩萨。大雄宝殿，也称三殿，面阔五间，进深三间，是寺内主体建筑，供奉三尊木雕三世佛坐像，像高丈余，中间为释迦牟尼，东西山墙相向分列着十八罗汉像。两厢配殿为东西禅堂，各五间，内供神像，高与人等。大悲阁在海会寺后院，又叫千佛阁，供千手千佛。方丈阁为东院主体建筑，是寺内方丈的住处。