雍和宫原址为明太监官房。康熙三十三年（1694）始建，初为雍亲王府。雍正即位后，将其中的一半改为黄教上院，另一半作为行宫，后行宫为火所焚，遂于雍正三年（1725）年将上院改为行宫，称“雍和宫”。

雍正十三年（1735），雍正帝曾停灵于此，宫中主要殿堂的绿琉璃筒瓦均换为黄琉璃筒瓦。

乾隆九年（1744），雍和宫改作正式的藏传佛教的寺庙，并成为清政府掌管全国藏传佛教事务的中心。

解放后，政府于1950年、1952年、1979年，进行全面修整，并于1961年公布为全国重点文物保护单位。1981年对外开放。

1957年10月北京市人民委员会公布了包括雍和宫在内的北京市第一批39个文物保护单位。

1961年3月，雍和宫被国务院列为全国第一批国家重点文物保护单位。